收到日军联合舰队的全面撤退的消息后，尼米兹如释重负的长叹了一声，毕竟虽然日军主力舰队的旗舰和航母被炸伤，但其战斗力却没有受到什么影响，日军舰队仍然拥有数量庞大的水面作战舰艇，尤其是那十余艘被称为海战霸主的战列舰，更是完好无损。
如果山本五十六这个疯子，下令不计代价的继续向中途岛发起攻击的话，那美军的局面可就危险了，不光中途岛肯定会被攻占，就连这支好不容易凑出的舰队，都会有全军覆没的风险。
好在山本这个疯狂的赌徒突然失去了赌胆，尼米兹高悬已久的心终于可以放下来了，当他便命令第十六、十七舰队全体向中途岛返航，一些舰长对于这个命令十分的不解，对于他们来说，就算不能对日军主力舰队发起追击，也应该派出军舰，去将已经受伤起火、失去航行能力的飞龙号补掉（此时美军还未收到飞龙号已经被自己驱逐舰击沉的消息）。
但尼米兹对于下属的质疑却只是不置可否的一笑，然后让他们继续执行自己的命令，要换成以前，这些桀骜不驯的海军舰长肯定会和自己的司令官给争论一番，要求他给出一个合理的解释，可现在尼米兹才刚刚率领战五渣的美军舰队击败了实力强大的日本联合舰队，还几乎全歼了所有的主力航母。这样的战绩估计上帝来了都够呛能打出来，这也让尼米兹的声望官兵的心中蹭蹭上涨，这些舰长当然不会在这个时候，质疑这位接近神的男人了。
？ 尼米兹之所以放弃去给飞龙号补刀，是因为还有一个大蛋糕在等着他，当然这个消息也是源于那份准确到令人惊掉下巴的情报。
暂时把赶去切蛋糕的美军舰队放一把，我们先说说正在撤离的日军舰队。
凤翔号上的大火很快就被熄灭了，而且这场大火也的确没给它带来什么实质性的损伤。倒是大和号那边有些麻烦，虽然那俩枚鱼雷并没有给它造成毁灭性的伤害，但大量灌入的海水却严重的影响了大和号的航行速度。使之只能以24节的航速缓慢航行，但在目前的情况下，日军又不敢让大和号单独返航，无奈之下，整个日军主力舰队只能以极低的航速，保护着大和号向日本本土撤退。
因为担心登陆、运输舰队受到美军飞机攻击，山本五十六让已经失去了航母的南云舰队与其汇合，加速返回位于太平洋中部的特鲁克岛基地。
于是庞大的日军舰队便分成俩股，一南一北的开始撤离中途岛海域。
也许是被美军白天的空袭吓破了胆，又或者是因为一下失去了四艘航母而过于悲痛，南云忠一完全失去了往日的冷静与沉着。在于登陆、运输舰队汇合后，他便在没侦察机导航的情况下，下令所以舰支以最高速度返航。
这一命令让航速较快的驱逐舰、运输舰与航速较慢的战列舰、重型巡洋舰很快就脱节。
入夜之后，海上升起了浓雾，瞭望员的视野范围变得极小，但南云忠一却没有让舰队减速，次日凌晨3点30分，这俩项命令所带来的恶果终于体现了出来——因为没有驱逐舰探路加上视野受阻，最上号重型巡洋舰上的瞭望员并没有及时发现航线上的暗礁，虽然最上号还是及时转向，避免了触角，但却因为转向过猛，而与身边的三隈号重巡发生了相撞。
最上号的舰首在三隈号的左侧船壁上划出了一道巨大的口子，致使后者进水倾泻，失去了航行能力。而最上号自己的船底也出现了漏水的情况，虽然不严重，但也严重的影响到了航速。
接到汇报的南云忠一差点没“哇”的一声哭出来，这真是屋漏偏逢连夜雨，怎么什么倒霉事都让他赶上了。虽然急着返航，但那两艘军舰也不能不管啊，毕竟那俩艘军舰只是进水，回去修理一下还是能够继续使用的，于是南云忠一便派出了矶风号、谷风号、浜风号、朝潮号，四艘驱逐舰前去保护，想等到天亮浓雾散去后，再把这两艘军舰拖回港口修理。
可南云忠一却忘了中国有句古话：福无双至、祸不单行！倒霉的事肯定不会只来一件的。
第二天一早5点25分，这支由6艘军舰组成的小编队被搜寻的美军侦察机发现了。
7点40分，12架从中途岛上起飞的B-17轰炸机追了上来，一顿狂轰乱炸之后，身中12枚航弹的最上号彻底沉入了太平洋海底。受损较轻的三隈号想要逃跑，却最终也被追上，美军轰炸机群用了8枚航弹将它和舰上1263名日本海军官兵全部送去见天照大神了。
除了这俩艘军舰之外，担任护航的矶风号驱逐舰也被航弹重创，于返航途中沉没。
之后，随着日军舰队全部撤离中途岛海域，美军轰炸机也停止了攻击，紧紧一天半的时间内，日军就在这片海域扔下了包括四艘主力航母在内的近十艘作战舰支和6艘运输舰，而换来的却只是美军约克城号航母的沉没，集结了俩百余艘主力军舰，来势汹汹、誓要拿下中途岛的日本联合舰队可谓是损失惨重、铩羽而归。
不过这还不是日军的全部损失，就在最上号与三隈号被B-17轰炸的时候，由12艘美军驱逐舰组成的猎杀舰队，为这场大战送上了最后一道大餐，在为这场旷世大海战画下休止符的同时，也将日军舰队的伤口撕扯的更大了一些。
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